Dengan jabatan fungsional Lektor dan pangkat Penata Tingkat I (Golongan IIId), ia dikenal sebagai akademisi yang produktif dan berdedikasi dalam riset eksplorasi mikroorganisme, antibakteri, dan bioteknologi mikroba, khususnya pemanfaatan metabolit sekunder dari tanaman dan mikroba lokal sebagai solusi kesehatan dan farmasi.

Penelitian-penelitian Eko fokus pada uji aktivitas antibakteri tanaman tropis, bioteknologi mikroba, hingga eksplorasi senyawa aktif tumbuhan. Beberapa karya ilmiahnya antara lain:

• Uji Aktivitas Antibakteri Ekstrak Etanol Daun Kecombrang terhadap Salmonella typhi
  
• Antimicrobial Activity of Terminalia catappa Leaf Extracts against Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa
  
• Effect of Sucrose and Plant Growth Regulators on Callogenesis and Preliminary Secondary Metabolic of Myrmecodia tuberosa
  Karyanya telah dipublikasikan di jurnal nasional dan internasional, terdokumentasi di Google Scholar dan SINTA, dengan Skor SINTA keseluruhan mencapai 457.
  

Sebagai bagian dari Universitas Mulawarman, kontribusinya sejalan dengan misi kampus dalam pengembangan ilmu berbasis biodiversitas Kalimantan dan pemanfaatan sumber daya alam tropis untuk bioteknologi. Eko juga aktif membimbing mahasiswa, mengembangkan metode riset, serta terlibat dalam seminar ilmiah nasional dan internasional. Komitmennya menjadikan Eko Kusumawati sebagai salah satu tokoh penting dalam pengembangan ilmu Mikrobiologi dan Bioteknologi di Indonesia.